Theo dự thảo thông tư mới, tổ chức, cá nhân được phép chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản theo quy định tại khoản 6 Điều 53 Nghị định 160/2005/NĐ-CP nay có chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản được xác định như chuyển nhượng dự án đầu tư.

Thuế GTGT

Hoạt động chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản, chuyển nhượng quyền sử dụng đất thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Trường hợp chuyển nhượng toàn bộ dự án đầu tư thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản có kèm theo công trình, kết cấu hạ tầng trên đất; máy móc, thiết bị… thì phải tách riêng công trình, kết cấu hạ tầng trên đất; máy móc, thiết bị… để nộp thuế GTGT theo quy định của Luật thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thi hành. Trường hợp không tách riêng được giá trị công trình, kết cấu hạ tầng trên đất; máy móc, thiết bị… chuyển nhượng thì phải nộp thuế GTGT với mức thuế suất 10%.

Thuế thu nhập DN

Tổ chức có thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản nộp thuế TNDN, cụ thể như sau:

Số thuế TNDN phải nộp bằng Thu nhập tính thuế nhân với Thuế suất thuế TNDN. Thu nhập tính thuế sẽ bằng giá chuyển nhượng trừ chi phí đã đầu tư chưa thu hồi và chi phí chuyển nhượng. Tuy nhiên, trường hợp hợp đồng chuyển nhượng quy định việc thanh toán theo hình thức trả góp, trả chậm thì giá chuyển nhượng là tổng giá trị thực tế chuyển nhượng theo thời hạn quy định trong hợp đồng chuyển nhượng không bao gồm lãi trả góp, lãi trả chậm.

Chi phí đã đầu tư vào dự án thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản chưa thu hồi là chi phí hợp lý theo quy định của Luật thuế TNDN và các văn bản hướng dẫn thi hành xác định trên cơ sở sổ sách, chứng từ tính đến thời điểm chuyển nhượng, sau khi trừ đi các chi phí đã thu hồi. Chi phí đã thu hồi là chi phí đã tính vào thu nhập chịu thuế để xác định số thuế TNDN phải nộp trước đó.

Trường hợp tổ chức tiếp tục chuyển nhượng lại quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản, chi phí đã đầu tư vào dự án được xác định bằng giá trị của hợp đồng nhận chuyển nhượng ngay trước đó cộng với chi phí bổ sung thêm (nếu có chứng từ chứng minh), trừ đi các chi phí đã được thu hồi.

Thuế suất thuế TNDN đối với hoạt động chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản là 25%. Thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản được hạch toán riêng, không được hưởng ưu đãi thuế TNDN.

Thuế thu nhập cá nhân

Số thuế TNCN phải nộp bằng thu nhập tính thuế nhân thuế suất.

Trường hợp hợp đồng chuyển nhượng quy định việc thanh toán theo hình thức trả góp, trả chậm thì giá chuyển nhượng là tổng giá trị thực tế chuyển nhượng theo thời hạn quy định trong hợp đồng chuyển nhượng không bao gồm lãi trả góp, lãi trả chậm.

Trường hợp hợp đồng chuyển nhượng không quy định giá thanh toán hoặc cơ quan thuế có cơ sở để xác định giá thanh toán không được xác định theo giá thị trường, cơ quan thuế có quyền ấn định giá chuyển nhượng theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thực hiện luật.

Thuế suất thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ chuyển nhượng vốn áp dụng thuế suất là 20%.

Đối với các trường hợp đã hoàn thành hoạt động chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản trước thời điểm Thông tư này có hiệu lực thi hành mà chưa kê khai nộp thuế hoặc đã thực hiện nộp thuế thì không điều chỉnh lại.

Bộ phận tư vấn pháp luật thuế – Công ty luật LVN Group (biên tập)​