Cơ quan liên bang được Quốc hội thành lập năm 1943, để bảo đảm những khoản tiền gửi trong những hiệp hội cho vay và tiết kiệm, và những ngân hàng tiết kiệm. Trong thập niên 1980, những khoản thua lỗ nặng nề bởi những định chế tiết kiệm đã làm hao mòn dự trữ của FSLIC, gây ra tình trạng phá sản. Đạo luật cải cách khôi phục và chướng chế định chế tài chính năm 1989, chuyển giao các tài sản và nợ phải trả của FSLIC cho quỹ bảo hiểm tiền gửi mới, Qũy bảo hiểm của hiệp hội tiết kiệm, một quỹ bảo hiểm tiền gửi được vận hành bởi Công ty Bảo hiểm Tiền gửi Liên bang.