Thuế quan phân biệt đối xử (discriminatory tariff) là loại thuế quan có đặc điểm là có các mức thuế khác nhau cho cùng một sản phẩm nhập khẩu, tuỳ thuộc vào chồ nó được nhập khẩu từ nước nào. Thuế quan phân biệt đối xử làm biến dạng hoạt động thương mại quốc tế và nói chung bị Hiệp định chung về Mậu dịch và Thuế quan (GATT) cấm áp dụng, trừ phi nó được vận dụng trong khuôn khổ một liên minh thuế quan.